Þegar vírusinn hefur borist er áfangi þar sem sýkti einstaklingurinn sýnir engin merki. Þetta er kallað áfanginn þegja, og varir hið síðarnefnda á milli 2 og 21 dag. Á þessu tímabili er ómögulegt að greina veiruna í blóði vegna þess að hún er of lág og ekki er hægt að meðhöndla viðkomandi.

Þá birtast fyrstu helstu einkenni ebóluveirusjúkdóms. Fimm augljósustu einkennin eru:

• Skyndileg upphaf mikill hiti, samfara kuldahrolli;
• Niðurgangur;
• Uppköst;
• Mjög mikil þreyta;
• Verulegt lystarleysi (lystarleysi).

Önnur merki geta verið til staðar:

• höfuðverkur;
• vöðvaverkir;
• Liðverkir;
• veikleikar;
• erting í hálsi;
• kviðverkir;

Og ef um versnun er að ræða:

• hósti;
• húðútbrot;
• brjóstverkur;
• Rauð augu;
• nýrna- og lifrarbilun;
• innri og ytri blæðingar.