Einkenni fuglaflensu eru háð veirunni sem á í hlut. Meðgöngutíminn getur verið breytilegur, alvarleiki einkenna og tegund einkenna fer eftir veirunni sem smitast.

Sá sem smitast af fuglaflensu hefur nánast alltaf haft náin samskipti við sýkt alifugla.

Merkin sem sést geta til dæmis verið:

- Hiti,

- Verkir, vöðvaverkir,

- Hósti,

-Höfuðverkur,

- Öndunarerfiðleikar,

- Góðkynja tárubólga (rautt, votandi, auga með kláða)

- Alvarlegur lungnasjúkdómur (lungnaskemmdir),

- Niðurgangur,

- Uppköst,

- Kviðverkir,

- blóðnasir,

- Blæðandi tannhold,

- Verkur í brjósti.

Þegar fuglaflensan er alvarleg getur hún orðið flókin og getur leitt til:

- súrefnisskortur (súrefnisskortur),

- Afleiddar bakteríusýkingar (vefur sem ertaður af fuglaflensuveirunni getur auðveldlega smitast af bakteríum)

- Afleiddar sveppasýkingar (vefur sem ertaður af fuglaflensuveirunni getur auðveldlega smitast af ger sem stundum er kallaður sveppur)

- Bilun í innyflum (öndunarbilun, hjartabilun osfrv.)

– Og því miður stundum dauðsföll.