Meðferð hefst með því að taka ábyrgð á þeim þáttum sem bera ábyrgð á upphafi magabólgu (þegar við þekkjum þá!). Þannig gæti læknirinn stungið upp á því að hætta bólgueyðandi gigtarlyfjum þar til einkennin hverfa. 

Í bráðri magabólgu, sem varir venjulega aðeins í nokkra daga, getur læknirinn hvatt sjúklinginn til að taka fljótandi máltíðir, sem leyfa maganum að hvíla sig. Sýrubindandi lyf geta veitt léttir. 

Ef um langvarandi magabólgu er að ræða er stjórnunin önnur. Ef það er vegna nærveru baktería Helicobacter pylorisýklalyfjameðferð er hafin (td amoxicillin og clarithromycin). Við þetta má bæta magaumbúðum, verkjalyfjum eða lyfjum sem draga úr magasýrustigi eins og histamín H2 viðtakahemlar einnig kallaðir H2 andhistamín eða prótónpumpuhemlar (PPI eins og esomeprazol, lansoprazol, omeprazol, pantoprazol og rabeprazól).